Correção de CT-e emitido erroneamente

Olá, boa tarde!
Estou com problemas quanto à alguns CT-es emitidos erroneamente contra a empresa em que trabalho.
Temos dois CNPJ's "um para nosso estoque e outro para nosso administrativo". Os documentos fiscais devem ser emitidos contra o "CNPJ administrativo". Porém a transportadora contratada equivocou-se na emissão de três CT-es e emitiu-os no CNPJ estoque e com cobranças indevidas. O fato é que com base em contrato assinado entre ambas as partes foi acordado que tais cobranças seriam pagas pela transportadora e não por nós. A data dessa emissão é de 07/02/2018...hoje (quase um mês depois) já não conseguimos fazer tal cancelamento.
Existe outro meio de correção quando da emissão errada fora o cancelamento?
Quais minhas alternativas posso usar os CT-es de anulação, substituição? Como funciona esses procedimentos?
Muito obrigada.
Thaís.

Thais Stos, boa tarde.

Para anular o CT-e emitido com erro e emitir o Conhecimento correto poderá ser adotado o seguinte procedimento:

PASSO 1 - O tomador destacado no primeiro CT-e deverá emitir documento fiscal próprio, pelos valores totais do serviço e do tributo, consignando como natureza da operação "Anulação de valor relativo à aquisição de serviço de transporte", informando o número do CT-e emitido com erro, os valores anulados e o motivo, devendo a primeira via do documento ser enviada ao transportador;

2 - Após receber o documento referido no "passo 1", o transportador deverá emitir um CT-e substituto, referenciando o CT-e emitido com erro e consignando a expressão "Este documento substitui o CT-e número e data em virtude de (especificar o motivo do erro)";

Assim será resolvido o seu problema.