Márcio,
Neste caso, quando você trouxer para a incorporadora o patrimônio da investida (incorporada que deixa de existir), o valor do investimento será baixado contra o valor do capital da sociedade investida que pertence integralmente à incorporadora.
Imagine que a incorporada tenha o seguinte Balanço; Caixa 100: Estoques 50; Capital 150. Esse valor do capital deve ser igual ao valor do investimento
Na incorporação, a incorporadora faz os seguintes lançamentos:
D: Caixa 100
D: Estoques 50
C: Conta transitória de incorporação 150
No mesmo instante:
D: Conta transitória de incorporação
C: Capital Social 150
Feito isso, você terá que baixar a conta de investimento registrado no Balanço da incorporadora, mediante o seguinte lançamento:
D: Capital social (vindo da incorporada)
C: Investimentos.
Basicamente é isso que acontece. Uma outra alternativa é manter o registro em conta de capital social e baixar o investimento contra uma conta "ações ou quotas em tesouraria". Você utilizará essa conta de "ações ou quotas em tesouraria" somente quando isso estiver estipulado no Protocolo aprovado. Veja o que diz a lei 6.404/76:
Art. 224. As condições da incorporação, fusão ou cisão com incorporação em sociedade existente constarão de protocolo firmado pelos órgãos de administração ou sócios das sociedades interessadas, que incluirá:
I - o número, espécie e classe das ações que serão atribuídas em substituição dos direitos de sócios que se extinguirão e os critérios utilizados para determinar as relações de substituição;
II - os elementos ativos e passivos que formarão cada parcela do patrimônio, no caso de cisão;
III - os critérios de avaliação do patrimônio líquido, a data a que será referida a avaliação, e o tratamento das variações patrimoniais posteriores;
IV - a solução a ser adotada quanto às ações ou quotas do capital de uma das sociedades possuídas por outra;
Portanto, preste bastante atenção ao que dizem os documentos da incorporação que devem ser levados a registro no órgão competente.