Anderson Rocha, boa tarde.
Você deverá primeiramente entregar as retificadoras da EFD e após a compensação via PERDCOMP, a RFB está com o processo de liberação/validação do crédito bastante acelerado, sendo por este motivo minha sugestão que faça a retificação antes, pois a órgão poderá efetuar a análise da compensação e não localizar a origem do crédito e emitir despachos decisórios sem necessidade e trazendo possíveis transtornos.
Lembrando que a Receita Federal através do art. 97 da IN 1.810/2018 possui agora o prazo de 30 dias para reconhecer a compensação do débito ou restituir o contribuinte.
No que se refere a DCTF quando efetuar compensação de outros tributos com o saldo do PIS e COFINS, você não precisará vincular a PERDCOMP no momento da entrega da declaração, basta indicar o valor do débito que a RFB fará a compensação de maneira automática (ATO DECLARATÓRIO EXECUTIVO CODAC Nº 12, DE 25 DE MARÇO DE 2014).