Cancelamento NF-e Prefeitura de São Paulo

Boa noite, Pessoal

Preciso de uma orientação. Sobre NF-e da Prefeitura de São Paulo.

Tenho uma empresa de prestação de serviços e recentemente tivemos uma NF-e emitida indevidamente devido à um erro de comunicação entre a empresa para qual prestamos serviços e nossa empresa de contabilidade.

A empresa para qual o serviço foi prestado solicitou uma nota com o valor errado, que foi emitida, e depois solicitou outra o nota com o valor correto, que também foi emitida. Acontece que a nota errada, de 12/07/2018 não foi cancelada à tempo e o ISS também foi pago indevidamente.

De acordo com nosso contador, o procedimento até o momento seria um processo administrativo para cancelamento da nota, como consta no site, porém agora ele nos informa que a Prefeitura de São Paulo não aceita mais processos administrativos para cancelamento de notas.

Essa informação procede?

Se não conseguir cancelar, essa nota indevida irá gerar cobrança de impostos que vão me prejudicar muito.

Muito obrigado,

Fabio