Fernando,
Estoque pode sim ser lançado como custo direto, mas ai já é o sistema de apuração de custos como matéria prima e componentes, que é o caso de empresas industriais e equiparadas.
Onde terá de ter métodos de rateio proporcionais, uma contabilidade de custos mais apurada..Ou seja é outro situação bem diferente.
Então sugiro alterar seus lançamentos.
A contabilização é similar em todos os regimes de tributação, a diferença que no Simples Nacional não se aproveita crédito de impostos.
Abaixo lançamentos que faço:
Compra de mercadorias
D- Estoque para revenda - AC
C- Caixa/Banco -AC
Ou
C- Fornecedores - PC (Fornecedores para pagamentos a prazo).
Venda de Mercadorias em estoque
D- Caixa/Banco - AC
C- Receita C/Vendas - (conta de resultado)
Baixa das vendas no final do exercício
D- CMV - (Conta de Resultado)
C- Estoque para revenda- AC
Espero ter ajudado. sucesso!