Aline,
Entidade com fins lucrativos é uma sociedade (simples ou empresária): uma entidade sem fins lucrativos é uma associação. Você não pode converter (transformar) um tipo em outro; por isso, é necessário encerrar a associação e criar sociedade nova.
Veja o conceito normativo de transformação previsto na Lei n. 6.404/76:
Art. 220. A transformação é a operação pela qual a sociedade passa, independentemente de dissolução e liquidação, de um tipo para outro.
Parágrafo único. A transformação obedecerá aos preceitos que regulam a constituição e o registro do tipo a ser adotado pela sociedade.
Perceba que só há transformação entre sociedades e entre EIRELI; não há transformação de sociedade em associação e vice versa.