Viviane,
Em princípio sim, ou seja, uma pessoa jurídica (sociedade) pode ter ações ou quotas do capital de outra. Todavia, certas sociedades que sujeitas a regimes especiais de tributação podem impedir esse arranjo.
O exemplo notório é da sociedade que queira optar pelo SIMPLES,. Veja o que o diz o § 4o do art. 3o da Lei Complementar 123/06:
§ 4º Não poderá se beneficiar do tratamento jurídico diferenciado previsto nesta Lei Complementar, incluído o regime de que trata o art. 12 desta Lei Complementar, para nenhum efeito legal, a pessoa jurídica:
I - de cujo capital participe outra pessoa jurídica;[/b
Portanto, uma sociedade que tenha como sócia outra sociedade ou EIRELI (são espécies de pessoas jurídicas) não pode optar pelo SIMPLES. O mesmo tipo de restrição pode ocorrer na área do ISS das denominadas "sociedades uniprofissionais" na forma da legislação Municipal, se for o caso.