Prezada Michelle, bom dia,
Bom, lendo seu questionamento entendi que sua empresa é optante pelo simples nacional, certo?
Sendo assim, o que precisa ser feito é em primeiro lugar segregar suas receitas em Receitas com retenção do ISS e Receitas sem retenção do ISS. Após o desmembramento das receitas, precisa informar isso de forma aberta no PGDAS, pois nesta declaração, existe para o mesmo anexo as duas opções de receita (com e sem retenção do ISS).
Fazendo isso, vai reparar que na opção escolhida para "receitas passivas de retenção" não apresenta valor de ISS.
Se não ocorria desta forma, estava de fato ocorrendo a bitributação. Então, penso que o melhor a ser feito é comparecer à Secretaria de Fazenda do seu município para pegar orientações quanto a necessidade da abertura de processo administrativo para solicitar a recuperação deste crédito.
Espero ter ajudado.
Att,
Gabriel Ouverney