Olá Tatiane,
Do ponto de vista fiscal aplica-se a regra do Regulamento do Imposto de Renda de 2018:
Quebras e perdas
Art. 303. O custo será integrado pelo valor :
I - das quebras e das perdas razoáveis, de acordo com a natureza do bem e da atividade, ocorridas na fabricação, no transporte e no manuseio; e
II - das quebras ou das perdas de estoque por deterioração, obsolescência ou ocorrência de riscos não cobertos por seguros, desde que comprovadas:
Logo, para fins fiscais, as perdas - nas situações acima - integram o custo dos produtos ou mercadorias vendidos. Perdas por roubo ou furto (ou outra razão) estão fora do escopo dessa norma, de modo que são registradas em despesa.
No plano contábil aplica-se a regra do item 34 do Pronunciamento Técnico CPC 16, que diz
34. Quando os estoques são vendidos, o custo escriturado desses itens deve ser reconhecido como despesa do período em que a respectiva receita é reconhecida. A quantia de qualquer redução dos estoques para o valor realizável líquido e todas as perdas de estoques devem ser reconhecidas como despesa do período em que a redução ou a perda ocorrerem
Logo, há um choque entre as normas que pode causar problemas para quem está no lucro real.