Estorno do icms.

Bom dia! Presto serviço para uma empresa que trabalha com cupom fiscal e NF-e, suas notas são todas geradas com cst 000 e algumas vezes eles transformam o cupom fiscal em nota com o cfop 5929 e com o mesmo cst 000, porem a contabilidade deles falaram que esse tipo de emissão não pode informar o valor de icmsna nota. Me falaram para estornar esse icms na própia nota ou zerar, porem se eu zerar usando o cst 000 da erro ao validar a nota. O que eu poderia fazer?