Contrato declarado em IRRF , porém empresa não emitiu NFSE

Bom dia,

Possuímos um cliente novo que veio com a seguinte situação:
No ano passado, ele tinha um contrato de prestação de serviços (clinica) de Janeiro á Abril com uma pessoa física, ocorre que ele não emitiu nenhuma NFSE para esse contrato e a pessoa declarou essa prestação de serviços no imposto de renda dela (10mil/mes), porém com o CNPJ da empresa incorreto. 

Minha dúvida seria com relação a regularização desse problema... 
Caberia uma denuncia espontânea e a retificação das declarações (Simples Nacional) , da época, com recolhimento dos impostos, porém, devido a data, sem a emissão de NFSE ?

Ou teríamos que emitir na data de hoje as NFSEs , com os recolhimentos de impostos agora?  

Estamos em dúvida quanto a resolução, pois ainda precisamos que a PF realize a retificação do CNPJ no IR dela. 

Detalhe: A empresa em 2018 era Simples, em 2019 Lucro Presumido.

Bom dia Debora.

O correto para a empresa era fazer a denuncia espontânea informando da não emissão da NF,  e retificar a declaração do Simples. A emissão da NF ficaria a cargo da prefeitura definir, mas em principio não, porém a empresa precisa retificar a DES deste mes informando do serviço prestado sem a NF.

A pessoa física também precisa corrigir sua declaração colocando o cnpj correto.

att