Simone, bom dia.
Então, essa questão existe e é bem semelhante a questão previdenciária, onde há o desconto do funcionário realizado por parte da empresa, e por vezes a empresa não realiza o pagamento.
Ao pé da letra isso é até crime, pois é apropriação indébita. Os órgãos competentes, que no nosso caso seria a RFB, nada tem haver com isso. Por este motivo ela não pode pagar algo que não foi recolhido, pois neste aspecto ela somente é a "ponte" entre a empresa e o funcionário.
O que já vi acontecer é o contribuinte/funcionário entrar com recurso junto a RFB para receber o valor por meio administrativo, comprovando os descontos realizados em folha, porque ele também não tem culpa de não ter sido recolhido, pois, afinal, o valor foi descontado de seu salário.
Dai a RFB paga a ele o valor devido de restituição e ai sim vai "acordar" e cobrar da empresa os valores não recolhidos. É o famoso "cutucar a onça com vara curta".
"Nas horas difíceis, jamais baixe a cabeça, porque a solução para o problema não está no chão, mas sim na sua determinação."