Custo do Serviço Prestado

Bom dia,
Tenho um cliente que empresario Individual (médico), ele presta serviço para uma empresa de consultas, como eu calculo o custo da prestação de serviço dele, já que não é material e sim  intelectual?

Custo é tudo o que é usado para a prestação de serviços, ou seja, depende do serviço executado.
Neste caso são os materiais, insumos usados nas consultas.

O aluguel, se houver, não é custo, é despesa, pois independe dos atendimentos.
Já um medicamento usado no paciente, é um custo, pois se não tiver o atendimento não usa o medicamento.

O caso desse meu cliente é o seguinte ele presta serviço para uma empresa que tem contrato com um orgão publico, como ele faz atendimento de consultas medicas e não tem gasto com nada pq ele atende no publico, então nesse caso não tem custo nenhum de material , resumindo é essa forma de setor publico contratar medicos sem contrato direto. Ai eu fico pensando na contabilidade como fica já que nesse caso ele não e clinica algo do tipo pra ter grandes despesas pensei que tivesse alguma forma de abater algum custo da receita dele mensal.
o CNAE dele é 86.30-5-03 - Atividade médica ambulatorial restrita a consultas