Boa Noite Colega
Antes de mais nada, o primeiro passo a fazer e estabelecer o contrato de prestação de serviços com o seu cliente. Eu e a maior parte dos escritórios de contabilidade mais organizados, usamos sistemas de controle que já emitem tais contratos, inclusive utilizando o modelo básico disponível no site do CRC.
Dito isto, você vai seguir o que diz o seu contrato no tocante à inicio da prestação de serviços, como você mesmo mencionou e é verdade, assim que o CNPJ é registrado, a empresa tem uma data de início e a partir desta data a obrigatoriedade de entrega das obrigações acessórias.
Como perguntou o que fazemos, tomando por base seu exemplo, no meu escritório não cobro a manutenção antecipada, eu trabalho primeiro e cobro depois... Então imagine a empresa com data de abertura 15/xx/xxxx, eu posso cobrar o pró-rata da minha manutenção, ou manutenção aplicando descontos por não inicio de atividades que é como costumo fazer aqui.
Porquê eu trabalho primeiro? Para não correr o risco do cliente me pagar por um serviço que eu não posso prestar, exemplo o cliente não me fornecer dados ou ferramentas que possibilite trabalhar para ele, como por exemplo: falta de certificado, de notas, arquivos xml e etc. Casos que eu posso quebrar o contrato com ele, pois no meu contrato prevê expressamente que não fornecer certificado digital, informações etc, me dá o direito de quebrar o contrato e devolver os documentos, sem o prejuízo de receber até onde trabalhei, mas também não ter recebido por serviços que ainda não prestei.
No mundo de hoje, onde as novas empresas contábeis e escritórios estão mais preocupadas em arrancar o dinheiro do que prestar o serviço, para receber é comum cobrar antes... (para não tomar prejuízo... dizem...). Mas com 24 anos de portas abertas meu foco não é (não tomar prejuízo), e sim manter a integridade, ética e imagem do meu escritório. Embora precise do dinheiro, (temos nossas despesas), e caso necessário, o próprio contrato de prestação de serviços me permite executar o cliente em caso de calote.
Sucesso.