Em primeiro lugar, sua empresa tem um contador? Caso sim só falar diretamente com ele, que ele saberá como proceder.
Caso não tenha um contador, você precisará identificar na nota emitida pelo prestador o local para onde está sendo recolhido o imposto, normalmente nos casos de retenção o imposto é recolhido para o local da prestação do serviço.
Após identificar o local (município), terá que entrar no site da prefeitura do respectivo município para gerar a guia de ISSQN por lá.
Obs: cada prefeitura trabalha de uma forma, hoje a grande maioria trabalha com sistemas eletrônicos, porém ainda existem algumas que o processo é manual e presencial, sendo assim caso não consiga fazer o cadastro e emitir uma guia avulsa, ligue para a prefeitura e peça informações de como proceder.