Faturamento Por Interdependência de Empresas do Mesmo Grupo Econômico

Olá pessoal, temos uma "empresa A" que tem participação em "empresa B" do
mesmo grupo econômico, ela tem ela possui cerca de 99,67% do capital da
"empresa B" e o restante são dos sócios, porém os mesmos sócios
possuem 100% do capital da Empresa A, logo existe a situação de
interdependência entre as empresas e do grupo.

Nossa dúvida é em relação ao teto do faturamento do lucro presumido em 78
milhões das empresas, nesse caso o faturamento é considerado para o teto de
forma separada ou é somado por causa da situação da interdependência das
empresas?

Pires, 
O limite é individual. No lucro presumido não tem regra que mande considerar as sociedades controladas ou coligadas. 
Veja o art. 587 do Regulamento do Imposto de Renda:
Art. 587. A pessoa jurídica cuja receita bruta total no ano-calendário anterior tenha sido igual ou inferior a R$ 78.000.000,00 (setenta e oito milhões de reais) ou a R$ 6.500.000,00 (seis milhões e quinhentos mil reais) multiplicado pelo número de meses de atividade do ano-calendário anterior, quando inferior a doze meses, poderá optar pelo regime de tributação com base no lucro presumido (Lei nº 9.718, de 1998, art. 13, caput ) .

A regra é clara, o limite é instituído para cada pessoa jurídica e cada sociedade é uma pessoa jurídica, na forma do item II do art. 44 do Código Civil. 

Obrigado pelo auxilio Edmar, me ajudou muito! abraços!