Regime especial

Boa tarde pessoal!

Preciso da ajuda dos contadores para me ajudar em uma questão aqui.
É o seguinte, sou uma empresa optante pelo lucro real, distribuidora, e estamos sob o regime especial, entretanto já que alguns impostos são recolhidos na saída, temos que fazer o cálculo  da tributação dos produtos com média, e aí que esta a questão, temos o sistema da TOTVS, Winthor, e para rodar as rotinas para que estes cálculos fiquem certos levamos meio dia, do primeiro dia útil do mês, ou seja, ficamos todo esse tempo sem poder faturar.
Alguém aí passa por este mesmo problema e poderia me esclarecer se isso é normal? 

Desde já agradeço a colaboração. 

Atenciosamente.