Empresa que não emite notas

Olá, se uma empresa optante do Simples, nao emitir notas fiscais por qualquer motivo, qual seria o procedimento correto para declarar esse faturamento, uma vez que há comprovantes de recebimento, e retenção de IR na fonte junto à empresas adquirentes?!

Desde já agradeço a atenção

Boa noite,
Creio que no caso a melhor opção para a empresa seria efetuar a auto-denúncia para se proteger de uma possível exclusão do Simples Nacional como pena pela não emissão de notas fiscais e tentar regularizar isso o mais rápido possível passando a emitir as notas conforme pede a legislação.