Mutuo entre empresas - Regularização

Estou com a seguinte situação: duas empresas de mesmos sócios, a empresa A presta serviços para a empresa B, porém toda a transferência bancária efetuada em 2018 e 2019 não foi amparada por nota fiscal, ficando em conta de adiantamento a terceiros. 
Pretendo regularizar isso, até porque a empresa caiu na malha da ECF, o contador anterior entregou a ECF totalmente em branco, sem dados nenhum.
Pergunta: os contratos de mútuos podem ser feitos agora e todo o saldo transferido para conta com partes relacionadas? ou reclassifico o saldo para adiantamento recebido de clientes e, na data do contrato de mutuo, transfiro o saldo para a conta partes relacionadas?
Sobre o IOF a ser recolhido: o montante precisa ser recolhido com base de apuração sendo os meses de 2018 e 2019 ou posso efetuar um único recolhimento no momento da formalização do contrato de mútuo?
Todo o montante será baixado através de emissão de notas fiscais até o zeramento do saldo.

Boa tarde !
Faz o contrato de mutuo agora e na data do contrato transfere o saldo pra conta de Partes Relacionadas, recolhendo o respectivo IOF agora também.
Atentar-se que sobre o juros recebidos incide IRFonte.

Eu posso deixar o saldo como adiantamento recebido de cliente em vez de mutuo? pois a baixa do saldo se dará pela emissão de notas fiscais e não devolução em espécie.

Boa tarde.
Pode sim, se tiver a NF emitda, sem problemas.

Muitíssimo obrigada! Porque desta forma eu evito de pagar o IOF e IRRF, vou pagar apenas os impostos incidentes da emissão da Nota fiscal.