Prezada Larissa, bom dia!
A profissional que ministrou o treinamento, possui vínculo empregatício com a Entidade?
1 - Se não possui, e o tipo de Serviço Prestado se enquadrar em algum dos itens da Lista de Serviços anexa a Lei Complementar nº 116 de 31 de julho de 2003, ela deverá emitir nota fiscal.
Caso ela não possua empresa aberta, poderá fazer através de Recibo de Pagamento a Autônomo - RPA (aplicando a tributação cabível).
Lei Complementar 116/2003 (*apenas serve de base, será necessário analisar a legislação Municipal)
2 - Se possui, ela poderia receber uma Gratificação ou algum tipo de Adicional na Folha de Pagamento. Pois, supondo que ela possua empresa aberta, pode não ser prudente uma profissional com vínculo, emitir documento fiscal para a Entidade que trabalha (não é errado, só não é prudente).
Ressaltando que, independente do tipo de empresa (Com ou Sem finalidade de Lucro), é obrigatório a apresentação de documento hábil (definido em legislação, na técnica contábil, etc.) que dê suporte ao lançamento contábil.