Custo Médio de Estoque

Olá, estou com uma dúvida em relação ao custo médio de estoque.
Considerando o custo médio ponderado pelo método de inventário permanente.
1) Uma empresa compra um determinado item que vai para o estoque (Almoxarifado), na compra é realizada a contabilização normal.
D = Estoque (Almoxarifado) - Ativo
C = Fornecedores - Passivo

2) Após isso é realizada uma transferência de parte desse item para o processo produtivo, o qual ainda não consumiu o item, é uma transferência de setores, o consumo será realizado quando for realizado o apontamento do consumo na Ordem de Produção, nessa transferência é realizada contabilização
D = Estoque (Industria) - Ativo 
C = Estoque (Almoxarifado) - Ativo
Valor definido pelo custo médio do momento da movimentação.

Nesse momento temos parte do saldo de estoque do item no almoxarifado e parte do saldo de estoque do item em outro setor dentro da indústria.

Após essa operação o processo produtivo vai consumindo aos poucos esse estoque que é baixado e contabilizado que somado à outros insumos vai compor o custo do produto.
D = Estoque (Acabado) - Ativo
C = Estoque (Industria) - Ativo 

Voltando ao estoque que é o motivo dessa pergunta, é muito comum antes de acabar o estoque disponível na indústria a empresa realizar a compra de outro lote, na compra novamente contabilizamos.
D = Estoque (Almoxarifado) - Ativo
C = Fornecedores - Passivo

A dúvida no caso é:
Se essa nova aquisição for realizada com valor diferente da primeira o valor custo será alterado.
Para cálculo do novo custo médio é necessário considerar o saldo e os valores do item nos dois setores?
Se considerar apenas os dados do almoxarifado teremos um valor de custo médio diferente em cada setor, um valor de custo médio no almoxarifado e outro valor de custo médio no setor indústria, isso está correto? ter o mesmo produto com custo médio diferente na mesma empresa pode causar algum tipo de problema?

Desde já agradeço a atenção.

Obrigado.