Olá Marília,
Geralmente, a empresa ou o setor que cuida da contabilidade dessa empresa faz a escrituração dessas notas em um sistema de Escrita Fiscal, nele a um clique se faz o envio do PGDAS e consequentemente é gerado os documentos relativos a apuração do Simples Nacional.
Por fora de um sistema, você deve analisar se a empresa é regime caixa ou competência, pois a partir desse ponto você poderá preencher de forma manual, verificando o faturamento da empresa no mês e indicando no site do Simples Nacional o faturamento e qual o tipo de Receita que ele se refere (Venda, Serviço, Industria, Locação...).
Não sei se trabalha na área, mas o ideal é ter uma acessória de um profissional contábil para que as declarações sejam enviadas dentro do que exige a legislação.