Transferência de CNPJ da Matriz para a Filial e vice versa

Bom dia,

Estou com uma situação onde fizemos a troca do CNPJ, onde o CNPJ da Matriz foi transferido para o endereço da Filial e vice versa.
Como faço para refletir essa movimentação na Contabilidade, pois hoje todas as movimentações contábeis estão invertidas.
Adicionalmente a inscrição estadual antiga foi baixada e aberta uma nova inscrição estadual, e uma empresa fica em Cotia-SP e outra em Mococa interior de SP.

Agradeço quem puder me ajudar.
Pois preciso fazer essa adequação na contabilidade.