Bom dia!
"Como faço para reativar uma empresa que está inapta na receita federal?" Você primeiramente deve verificar quais são as pendências, é possível ver pela situação fiscal no e-CAC, se essa empresa não tiver certificado digital ou o mesmo já tiver vencido, você pode fazer uma procução na Receita Federal pro certificado digital do contador ou do escritório de contabilidade para consultar as pendências. Se for omissão de declarações deve providenciar as mesmas e transmitir, após a resolução das pendências a situação da empresa vai mudar para Ativa na Receita.