A escrituração contábil deve representar a essência do evento econômico e não sua forma (documento).
Se a empresa comprou material de construção que deveria ser lançado na conta de estoques, mas efetuou esta compra com recibos ao invés de solicitar notas fiscais, é irrelevante para a contabilidade. Você deve manter o lançamento na conta de estoque.
O mesmo ocorre com a folha de pagamento, se o funcionário está lotado na obra, o valor pago de informalmente (sem declaração no e-Social) precisa ser registrado em custo da obra, e se o funcionário estiver lotado no departamento administrativo, deve ser registrado em despesa.
1ª OBSERVAÇÃO: Geralmente, pequenas e médias empresas contratam o escritório para prestar serviços de natureza trabalhista, previdenciária, fiscal e contábil. Portanto, você pode acertar no contábil, mas vai continuar errando nos demais serviços, portanto, verifique com seu departamento jurídico qual melhor maneira de formalizar esta situação para o cliente de forma que ele assuma inteiramente a responsabilidade por eventuais sanções, levando em consideração que você orientou ele para fazer o correto.
2º OBSERVAÇÃO: Sem prejuízo do que foi exposto acima, a escrituração contábil, eventualmente precisa reconhecer provisões para eventuais perdas futuras gerados por eventos passados, tais como litígios (trabalhistas, comerciais, societários, etc) ou multas (tributárias, trabalhistas, comerciais). Neste caso estudo mais afundo se existe a necessidade do reconhecimento destas provisões. (Neste caso, também é importante reportar ao cliente que o lançamento da provisão será declarada).
Se este cliente representar um risco extremamente assimétrico para seu escritório, estude com muito detalhe a viabilidade de rescisão de contrato.