Agrupar mais de um serviço em uma NFS-e

Bom dia, Senhores(as)!

Poderiam me tirar a seguinte dúvida?
Posso emitir uma Nota Fiscal de Prestação de Serviço para mais de um serviço, prestados separadamente? 
O que acontece: às vezes, um serviço resulta em um valor baixo, por vezes abaixo de R$ 100,00. A Empresa opta por juntar os dois serviços em uma NFS-e.
Acontece que ao juntar os dois valores, acaba saindo uma diferença quanto aos impostos. Uma diferença de, por exemplo, R$ 2,95 a mais quando junto os dois serviços. Tem algum problema com essa prática?
A empresa opta pelo regime de lucro presumido.

@edit
Aproveitando, queria tirar outra dúvida... temos um aplicativo para controle de serviços prestados, que gera uma solicitação para emissão de nota para cada serviço prestado. Não acho correto ir lá e zerar um serviço para juntar em outro. Opto por lançar um desconto ou um valor positivo para bater com a conciliação bancária. No histórico ponho "ajuste de saldo". Está correto?

Bom dia! 
Alguém poderia dar uma luz?