Entendo o ponto, e concordo com o Anderson no seguinte sentido: Uma pessoa jurídica não produz produtos ou serviços, quem produz são pessoas, e pessoas quando produzem recebem remuneração por este trabalho, e no Brasil, a remuneração percebida em função de trabalho possui incidência de INSS.
Se a empresa fatura menos de R$ 1.000,00, talvez o proprietário tenha outra fonte de renda e outro trabalho. Neste caso, entendo que o pró-labore pode ser calculado, dividindo o salário mínimo por 220 horas, multiplicando pela quantidade de horas que ele dedica nesta empresa.
Caso o empresário não queira proceder desta maneira, entendo que, o melhor, seria orientá-lo quanto ao risco de sanções previdenciárias. Apesar de ser um risco baixo (dado o exemplo que você passou), não é risco zero.