Boa tarde!
Mediante livro caixa.
Ele tem que ter todos os documentos e os respectivos comprovantes para justificar essa escrituração contábil.
Salvo engano, tem até um anexo que o MEI tem que preencher pra justificar isso ai, e deixar os comprovantes juntos.
Aproveito para informar que essa isenção de 100% com base na contabilidade regular pode não proceder. Interpretei sua mensagem da seguinte forma, se tem contabilidade não paga imposto. Se estiver equivocado, me desculpe.
A legislação determina uma presunção de lucro (8, 16 ou 32% dependendo do ramo de atividade) contudo, se as suas despesas forem inferiores a essa presunção, ou, não forem tão altas assim, o contribuinte pode ter a renda tributada na pessoa física.