Sou do departamento contábil de um escritório de pequenas e médias empresas e aqui utilizamos o software Domínio.
Obviamente, o produto final do meu departamento vem do módulo contábil (exportação de arquivos xls, txt, geração de relatórios em PDF, XLS, e arquivos para cumprimento de obrigações legais como ECD e ECF). Entretanto, para conseguir maior produtividade, é necessário que os demais módulos estejam devidamente configurados para otimizar a integração dos dados mantendo a qualidade da informação. Além da configuração dos outros módulos, nosso trabalho é executado com maior qualidade quando o cliente possui algum software que possa enviar arquivos de controles internos para que possamos importar no nosso.
Então, seguindo o livro texto e as experiências práticas, tenho confiança em defender a ideia de que controles internos facilitam a gestão financeira/contábil/tributária da empresa. Tentando me limitar ao foco da sua proposta, concordo com o raciocínio de lançar as operações primeiramente no fiscal (inclusive baixa de duplicatas a receber e a pagar) para depois exportar para o módulo contábil e efetuar os lançamentos restantes neste. Fiz a introdução acima, apenas para contextualizar meu ponto de vista.