Contabilização Desconto Farmacia

Bom Dia Pessoal,
 
Estou com uma dúvida, estou fazendo a Contabilização de um Sindicatoonde o mesmo tem um Convenio em uma Farmácia para os seus Associados.
O Associado compra na Farmácia o medicamento a vista comdesconto maior, no cupom fiscal sai em nome do Sindicato.
No Final do Mês a Farmácia manda uma Nota Fiscal para o Sindicato.
Total de Compras = R$ 5000,00
Total de Desconto = R$ 3500,00
Diferença = R$ 1500,00

Essa Diferença o Sindicato paga, porem a Farmácia emite uma Nota Fiscal no
Valor total das Compras R$ 5000,00, gostaria de saber como irei fazer a
Contabilização do valor pago pelo Sindicato.
 
Atenciosamente,
Nicélio Messias 

Nicelio,  sao 2 lancamentos

pela nota :
debito:   desp.  farmacia/medicamentos
credito :  caixa/banco
R$  5.000,00

o valor dos R$ 3.500,00  são descontados na folha   - reembolso dos funcionarios

debito:   salario a pagar   ( já que é descontado do funcionario )
credito:  desp.  farmacia/medicamentos
R$ 3.500,00

Márlus