Olá Vitória,
o Item II do Paragrafo 2º do art 3º da IN RFB 2004/2021, diz o seguinte:
"Art. 3º A ECF será transmitida anualmente ao Sistema Público de Escrituração Digital (Sped) até o último dia útil do mês de julho do ano seguinte ao ano-calendário a que se refira.
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§ 2º Nos casos de extinção, cisão parcial, cisão total, fusão ou incorporação, a ECF deverá ser entregue pelas pessoas jurídicas extintas, cindidas, fusionadas, incorporadas e incorporadoras, observados os seguintes prazos:
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II - se o evento ocorrer no período compreendido entre maio a dezembro, a ECF deve ser entregue até o último dia útil do 3º (terceiro) mês subsequente ao do evento. " grifo meu.
Então neste caso, entendo que sim, gerárá penalização na entrega pois a mesma extrapola o prazo previsto.