Recebi pagamento eletrônico na matriz e emito nota de saída na filial, deu divergência de receita

A empresa que trabalho tem uma filial no mesmo estado sem estoque próprio somente estoque da matriz, foi vendido um valor x em cartão na filial com estoque da matriz e recebido o pagamento na matriz, porém na hora de dar saída a vendedora estava logado no sistema da filial e acabou emitindo as notas fiscais por lá, acabou divergindo a receita declarada, informei o valor na matriz e deu certo, porém a filial consta com o mesmo valor divergente de receita, nesse caso como proceder, informo o valor nas duas empresas e pago a diferença de das que está divergente?