Danilo,
Segundo o item 06 do CPC 27: "Ativo imobilizado é o item tangível que:(a) é mantido para uso na produção ou fornecimento de mercadorias ou serviços, para aluguel a outros, ou para fins administrativos; e (b) se espera utilizar por mais de um período". O emprego dos bens nas operações da entidade por intermédio de comodato se amoldam ao conceito de "outros" referidos no item "a". Portanto, nada muda quando a entidade que usava os bens tenha resolvido cedê-los a terceiro em comodato para atender ao seu modelo de negócio.
Se nada muda, eles continuam no ativo imobilizado e sujeitos a depreciação. VC deve criar um controle contábil para saber a localização dos bens posto que eles estarão em poder de terceiros e serão devolvidos ao final do contrato.