Saldos negativos no Estoque.

Senhores, a situação é a seguinte: Na empresa onde trabalho, os saldos do estoque utilizados para consumo próprio estão negativando quando fazemos uma análise dos débitos e créditos desse valores mês a mês, ou seja, no sistema os valores das saídas desses materiais superam e muito os valores de entrada, ainda que fisicamente parte desses matérias possuam saldos. O que faz com que o rateio dos custos de aplicação desses matérias estejam com valores elevados e portanto incorretos. Todos esses fatos se devem ao processo e a logística da empresa ser muito antiquada, com processos de baixa manual em fichas físicas, estas que possuem muitos erros humanos de baixa e que se espelham no sistema gerencial de estoque, logo resultando na situação apresentada acima. A empresa é do Lucro Real. Como seria possível corrigir contabilmente essas saídas negativas levando em conta o rateio dos custos por aplicação desses materiais?

Bom  dia.
A conta estoque, assim como a conta Caixa, não podem ter saldos negativos (ou tem ou não tem).
Caso os valores sejam significativos é preciso rever o controle interno, como um auditoria.
Se os materiais requisitados têm aprovação de superior, etc.

Sucesso.