CTE Anulação - dúvidas referente aos impostos já recolhidos .

Boa noite!
sou um transportador e tenho dúvidas em relação ao CTe que foi anulado .
efetuei todo processo de anulação e substituição , porém minha dúvida é em relação ao tributos já recolhidos no CTE que foi anulado . 
exemplo : fiz anulação referente a um CTE gerado no mês anterior ( documento escriturado e pago todos os imposto ) no mês vigente fiz a anulação e substituição . 
como será o recolhimento dos impostos  deste novo CTE ? 
Para não ter que pagar em duplicidade todos os impostos !