Boa tarde, meu caro!
Emita a nota agora como se ainda estivesse dentro do prazo, muito pouco provável a receita perceber, já presenciei dezenas de vezes esse tipo de situação e nunca deu nenhum problema.
Um ponto a ser observado é que, se ambas as empresas forem optantes pelo Simples Nacional não há consequências por não respeitar esse prazo, visto que ambas não destacam ICMS.
Agora se a outra empresa não for optante pelo Simples, do ponto de vista legal, por extrapolar o limite de 180 dias sem solicitação de prorrogação, este deveria proceder com o recolhimento do ICMS sobre a operação, com multas e juros do momento da remessa original até o recolhimento.
Como disse, a chance real da receita cobrar isso é muitíssimo baixa.