Escrituração Fiscal Matriz e Filial-Notas Fiscais

Boa tarde, prezads(as)!

Minha empresa tem a matriz e filial em SP e como optamos pela forma centralizada de escrituração, realizamos todas as compras e fazemos as escriturações pelo CNPJ Mariz, ou seja, não temso nenhum documento fiscal de compra de mercadorias ou serviços nos CNPJs das filiais.
Mas agora, estamos abrindo uma filial em Vinhedo, a pergunta é : Sendo outro município ainda sim eu posso emitir no CNPJ Matriz , ou devo emitir no CNPJ da filial, porém manter as escriturações fiscais, Livros e SPEDs na MAtriz?

Desde ja, agradeço a ajuda.

Att;

Bom dia Cristiano,
Acredito que a empresa terá que se adequar pois, quando você utiliza apuração centralizada, estamos falando apenas na questão de pagamento de impostos mas não dos arquivos magnéticos de Sped visto que cada um possui a sua particularidade e formato de preenchimento.

Para o estoque, o mesmo está em desacordo pois cada filial tem que possuir o seu, necessitando efetuar notas fiscais de transferências de mercadorias e consequentemente, sendo possível a apuração de resultado por filial.
Ex: Como justificar a venda de uma mercadoria no CNPJ XX se a mesma nunca efetuou a entrada de tal item?? Mesmo que tenha comprado no CNPJ YY da raiz da empresa, não justifica.