Olá colega!
Sempre que for questionar algo de carater tributário tente ser o mais detalhista possível, nosso sistema tributário é um tano quanto complexo e com muitas nuances, então para uma correta orientação é bom ter bastante informações.
Mas vamos lá, no seu caso incidirá basicamente:
Se Simples Nacional: 15% de IRPJ sobre o ganho de capital;
Se Lucro Presumido, o valor do ganho de capital será acrescido a base de calculo de IRPJ e CSLL, tributando entre 15 e 25% de IRPJ e mais 9% de CSLL;
Se Lucro Real, o valor apurado integrará o resultado mensal da empresa, seja positiva ou negativamente, se tiver ganho de capital, aumentará base de calculo do IRPJ e CSLL cuja tributação segue as alíquotas do item acima, e se negativa será uma despesa e reduzirá tais bases.
Lembrando que ganho de capital é o valor de venda menos o valor contábil do bem no momento da venda, isto é, o custo que foi registrado na aquisição menos a depreciação acumulada. Por exemplo:
1- Custo de aquisição: 10.000,00;
2 - Depreciação acumulada: R$ 8.000,00;
3 - Valor contábil (1-2): R$ 2.000,00
4 - Valor de venda: R$ 5.000,00
5 - Ganho de capital (4-3): R$ 3.000,00 - Este valor será oferecido a tributação nos moldes descritos acima.
Observando que, se a venda ocorrer em menos de 12 meses da aquisição, para efeitos do Simples Nacional, deve-se considerar como receita de comercialização da empresa e então tributar pelo PGDAS em substituição ao ganho de capital, e, se for dos demais regimes, verificar ICMS pois alguns estados cobram-no em vendas menores que esse período.