Nota Fiscal Cancela e Paga

Bom dia,
Estou iniciando a minha carreira contábil e preciso da ajuda de vocês. Estou conciliando um fornecedor e cheguei em uma nota em que, ao pesquisar no SIEG vi que está cancelada. A questão é que pagaram uma duplicata (o valor total foi dividido em duas). 
No sistema fiscal ela já não existe. Mas, no  sistema contábil há a nota e o pagamento. Como o saldo dos dois sistema tem que ser igual, o certo seria a exclusão. Mas, não tenho certeza se esse é o procedimento certo, uma vez que houve esse pagamento.
Alguém pode me ajudar? Preciso encerrar essa empresa logo

Bom dia Graziele,
Primeiramente, se a nota fiscal está cancelada, não poderá deixar o registro baixado na conta de fornecedores. Para resolver o problema dos registros, basta você utilizar a conta de adiantamento a fornecedores localizada no ativo. Após isto, a empresa terá que entrar em contato com o fornecedor para solicitar a devolução desde montante ou a compensação na fatura de uma futura nota fiscal de compra.
Att.

Obrigada!