Bom dia, colega!
O primeiro ponto é que deve sim emitir nota fiscal própria registrando a entrada com CFOP de compra para comercialização, todos os estados tem regulações própria quanto a isso, mas além destes temos a Lei Federal 12.977/2014:
Art. 1º Esta Lei regula e disciplina a atividade de desmontagem de veículos automotores terrestres sujeitos a registro nos termos da Lei nº 9.503, de 23 de setembro de 1997 - Código de Trânsito Brasileiro. [...]
Art. 6º A empresa de desmontagem deverá emitir a nota fiscal de entrada do veículo no ato de ingresso nas dependências da empresa.
Depois de emitida a nota de entrada do veiculo como um todo, o desmanche deve ser registrado em livro registro de inventario em que constará a saída do veiculo inteiro e entrará as peças, individualmente registradas, oriundas do desmanche cuja soma total do custo estimado de cada uma delas deve ser igual ou menor que o valor do veiculo adquirido.
Lembre-se de orientar o cliente a deixar muito bem registrado de qual veiculo originou cada peça, pois como está revendendo peças que não possui entrada direta em nota fiscal é altamente sujeito a fiscalização.
Por fim, as peças devem revendidas com CFOP de revenda de mercadorias, aplicando as regras vigentes para a atividade e produtos em questão.