Nota fiscal e extrato mensal precisam coincidir?

Tenho uma dúvida que ainda não consegui sanar mesmo meu contador me explicando.

 Prestei o serviço e emiti a nota fiscal, porém, não recebi os valores. O que impede que essas notas fiscais sejam encaradas como frias para receita federal? Já que estou alegando para a receita federal que prestei um serviço de valor X e vou pagar os tributos mas o valor não entrou.

Nesse exemplo emito mais notas do que recebo os valores.