Boa tarde, Ivani
Embora não tenha sido citado se a empresa participa ou não do PAT (Decreto 05/1991), que geralmente é utilizado pelas empresas tributadas com base no lucro real, e nem o regime tributário da empresa, informo que você está confundindo as leis, conforme explico adiante:
A Lei 9532/97 cuida de matéria tributária da esfera federal, sendo que o § 1º do Art. 61 autoriza às empresas tributadas pelo lucro real a comprovação de despesas com base em cupons fiscais, desde que estes claramente identifiquem as partes, os objetos envolvidos no negócio e tenham data de emissão (itens a, b e c), enquanto o § 2º do Art. 135, mesmo estando em branco em seu texto, é oportuno citar que este trecho faz parte do Regulamento do ICMS do Estado de São Paulo, que normatiza imposto de área estadual.
Frente ao exposto, conclui-se que se perante o fisco federal a pretensão for apenas comprovar a despesa, o cupom fiscal é documento hábil, porém, no âmbito estadual, como é prudente lançar no livro registro de entradas todas as notas (de despesas, consumo, insumos, estoques, simples remessa, etc.), embora a empresa não possa aproveitar eventual crédito de ICMS sobre os produtos adquiridos (por se tratar de despesas), levando em conta que é mais prático e seguro lançar e arquivar uma nota fiscal do que um cupom fiscal, o aludido parágrafo dá ao consumidor direito de solicitar Nota Fiscal padrão, que nos casos em que algum CF já tenha sido emitido, após solicitação do cliente o fornecedor preenche uma "nota grande" (geralmente por sistema) com o CFOP 5.929 ou 6.929.
Saudações