Bom dia, caro Tarso
Este assunto merece atenção especial e redobrada porque a falta de controle sempre induz a graves erros que são passíveis de sanções fiscais.
Quando o controle de estoques é fiel (por sistema eletrônico ou fichas) é indispensável que se faça o levantamento físico dos produtos para verificar se o volume dos bens é condizente com os valores apurados matemática e contabilmente, de modo que eventuais e modestas diferenças advindas de casos fortuitos sejam classificadas como ganhos ou perdas.
Conforme suas palavras, como o valor da diferença é substancial e seu intento é classificá-la na conta de prejuízos acumulados, o caso vai além de um suposto simples "ajuste contábil".
Como sua pretensão é registrar a aludida diferença vultosa na conta de prejuízos acumulados, entende-se que é necessário reconhecer o valor de prejuízos porque o valor contábil dos estoques é bastante superior ao valor apurado no levantamento físico; obviamente, como a baixa de estoques não foi reconhecida contabilmente, é bem claro que houve vendas sem a emissão de notas fiscais, que por sua vez, revela a omissão de receitas, de acordo com os Arts. 199, 283 e 528 do RIR/99.
Neste contexto, conclui-se também que não bastaria somente alocar o valor da diferença diretamente para a conta de prejuízos acumulados. Mesmo sem saber qual o regime de tributação, é inegável que o primeiro passo seria reconhecer as receitas outrora omitidas, retificar as demonstrações necessárias, e com base nas técnicas de "Ajustes de Exercícios Anteriores", um assunto farto nos arquivos do Fórum Contábeis (e facilmente acessível através de pesquisas), regularizar os saldos.
Portanto, como este assunto é complexo e envolve vários fatores, é recomendável recorrer ao apoio pessoal de um contador e/ou advogado tributarista de sua confiança.
Boa sorte.