Boa tarde Cléia,
Conforme vc já mencionou, para o cálculo do custo do serviço prestado devemos separar os custos das despesas.
Contabilmente o que acontece é o seguinte, quando a empresa presta um serviço, ela acumula os custos (mão de obra, material aplicado, custos indiretos) de um serviço em uma conta de estoque, que podemos chamar de Estoque de Serviços em Andamento, exemplificando ficaria assim:
D-Estoque de Serviços em Andamento (Ativo Circulante)
C-Caixa
Após o término do serviço o valor acumulado na conta Estoque de Serviços em Andamento, serão transferidos para a conta de Estoque de Serviços Acabados, assim:
D-Estoque de Serviços Acabados
C-Estoque de Serviços em Andamento
Suponhamos agora que a empresa irá entregar o serviço pronto para o contratante, emitindo uma nota fiscal. Nesse momento iremos fazer o reconhecimento da despesa (transf. do custo para o resultado) e da receita, que é o valor constante na nota fiscal de serviço. Ficaria assim:
Pelo transferência do Custo para o Resultado
D-Custo Serviço Prestado
C-Estoque de Serviços Acabados
Pelo reconhecimento da Receita
D-Clientes
C-Receita Serviços Prestados
De forma nua e crua é assim que se faz para encontrar o custo de um serviço, mas existem formas mais completas e outras tantas maneiras de chegar ao custo. Lhe recomendo vc dar uma conferida no livro "Contabilidade de Custos" do Eliseu Martins, ali fica bem exemplificado, várias formas de se encontrar o custo de um serviço ou produto.
Espero que lhe seja útil o comentário.
Abraço.