Tenho o mesmo problema aqui Renata, pois entrei recentemente em um escritorio para trabalhar aonde praticamente todas as empresas estão sem livro caixa, ou seja, consequentemente todos os estoques tb estão altos e quase que fora de controle, tomei uma atitude meio ousada e estou me dedicando a lançar todos os atrasados ou quase todos, para tentar colocar o estoque mais em dia possivel, pq sem voltar e refazer tb não sei como poderia lançar contra o estoque ja estabelecido.
Agora se vc esta começando o estoque, dá pra fazer o controle, não precisa exatamente zerar, mas precisa existir la na conta aquilo que se tem na empresa.
Espero ter ajudado pelo menos um pouquinho.