No seu SPED contábil, você está vinculando as contas do seu plano de contas com o plano de contas referencial da receita não é? No site do SPED nas perguntas e respostas, sobre o plano de contas referencial ele diz que: As contas de compensação a conta de apuração do resultado e de saldos de abertura, não precisarão serem vinculadas, ou seja não existem no plano de contas referencial. No seu caso as transferências entre estabelecimentos tem uma natureza de compensação, pois debita filial e ao mesmo tempo credita matriz por exemplo, ou seja, quando se une as contabilidades esses lançamentos não tem influencia nenhuma no resultado, pois uma está matando a outra, por isso não precisam serem vinculadas com o plano de contas referencial.
Se você as tiver vinculado, exclua essa vinculação e gere o arquivo novamente para tentar validar no PVA do SPED, provavelmente dará certo.