Cristina,
Em uma pesquisa que realizei a algum tempo atrás encontrei a seguinte Instrução Normativa (Nº 107, DE 23 DE MAIO DE 2008) que regulamenta o assunto:
Substituição de livros:
Art. 5º A retificação de lançamento feito com erro, em livro já autenticado pela Junta Comercial, deverá ser efetuada nos livros de escrituração do exercício em que foi constatada a sua ocorrência, observadas as Normas Brasileiras de Contabilidade, não podendo o livro já autenticado ser substituído
por outro, de mesmo número ou não, contendo a escrituração retificada.
No caso de recomposição:
Art. 26. Ocorrendo extravio, deterioração ou destruição de qualquer dos instrumentos de escrituração, o empresário ou a sociedade empresária fará publicar, em jornal de grande circulação do local de seu estabelecimento, aviso concernente ao fato e deste fará minuciosa informação, dentro de quarenta e oito horas à Junta Comercial de sua jurisdição.
§ 1º Recomposta a escrituração, o novo instrumento receberá o mesmo número de ordem do substituído, devendo o Termo de Autenticação ressalvar, expressamente, a ocorrência comunicada.
§ 2º A autenticação de novo instrumento de escrituração só será procedida após o cumprimento do disposto no caput deste artigo.
§ 3º No caso de livro digital, enquanto for mantida uma via do instrumento objeto de extravio, deterioração ou destruição no Sped, a Junta Comercial não autenticará livro substitutivo, devendo o empresário ou sociedade obter reprodução do instrumento junto à administradora daquele Sistema.