Felippe, o cancelamento não pode mais ocorre as vezes pelo fato da operação já ter finalizado e o conhecimento ter sido carimbado nos postos fiscais onde passou e também ocorre do cliente demorar a anunciar o erro no documento e os impostos já terem sido pagos, sendo assim a legislação estadual permite no caso dos prestadores de serviço, que haja uma anulação do serviço, como se fosse uma devolução no caso de mercadorias. Mas como já pagamos todos os impostos incidentes sobre aquele CTRC, no caso da anulação não se pagaria novamente.
No caso da contabilização eu lançaria em uma conta redutora da Receita de Anulações de Serviço, reduzindo minha receita e não gerando os impostos federais ou o correto é que eu faça um lançamento, D-Receita e C- Cliente, D-Pis Recolher e C-Pis, D-Cofins Recolher e C-Cofins....