Daniela,
Conforme mencionado pelo Francisco, são matérias distintas, ou seja:
EFD PIS-COFINS é de âmbito FEDERAL, e como já citei acima, não foi alterado prazo para apresentação para empresas tributadas pelo Lucro Presumido.
Já a Sped Fiscal:
A Portaria citada por Você, trata Escrituração Fiscal Digital - EFD.
A Escrituração Fiscal Digital - EFD é um arquivo digital, que se constitui de um conjunto de escriturações de documentos fiscais e de outras informações de interesse dos fiscos das unidades federadas e da Secretaria da Receita Federal do Brasil, bem como de registros de apuração de impostos referentes às operações e prestações praticadas pelo contribuinte. Este arquivo deverá ser assinado digitalmente e transmitido, via Internet, ao ambiente Sped.
A partir de sua base de dados, a empresa deverá gerar um arquivo digital de acordo com leiaute estabelecido em Ato COTEPE, informando todos os documentos fiscais e outras informações de interesse dos fiscos federal e estadual, referentes ao período de apuração dos impostos ICMS e IPI. Este arquivo deverá ser submetido à importação e validação pelo Programa Validador e Assinador (PVA) fornecido pelo Sped.
O projeto SPED é composto por vários projetos, no link a seguir, pode obter informações sobre todos eles.
http://www1.receita.fazenda.gov.br/Sped/