Bem Ana Paula.
De modo geral, as empresas prestadoras de serviço, fazem a opção pelo lucro presumido pela sua "praticidade" pelo fato de não ter tantas obrigações acessórias, e pelo fato de que muitas vezes a margem de lucro exceder o 16%( base de cálculo para presunção) que é o seu caso.
O momento mais proprício para verificar essa situação é agora, no inicio do ano.
Para fazer o planejamento tributário de seu consultório, o seu contador deve ter em mãos, um leque de informações, e acredite no que a Heloisa falou em ai cima. Tenha certeza que se vocês fizerem a opção pelo lucro real, ele irá te cobrar honorários mais altos, devido o aumento e complexidade dos trabalhos referentes a este regime de tributação.
O concelho que te dou é o seguinte:
Pede dele um planejamento tributário para 2012. Pede para ele fazer uma projeção com base nos exercícios anteriores e ai sim, fazer o comparativo de tributação entre o lucro real, e o presumido.
E sim, por fim, consulte dele o honorário caso sua empresa fosse optar por este regime de tributação.